多人合作开发的软件在申请软件著作权时，需要遵循以下步骤：
1. 确定著作权归属：首先，参与合作的各方需要就著作权的归属达成一致。通常情况下，著作权属于实际开发者，即对软件代码编写和贡献最大的人。如果有多个人或团队对软件的编写做出了同等贡献，他们可以共同拥有著作权。
2. 准备申请材料：准备完整的软件著作权申请表、源代码、设计说明、操作手册等相关材料。这些材料需要详细描述软件的功能、实现原理、使用方法等，以便于审查员了解软件的内容和特点。
3. 提交申请：将准备好的申请材料提交给国家版权局或其指定的机构。一般来说，可以通过线上平台或者邮寄的方式进行提交。
4. 审核与公示：提交申请后，审查员会对申请材料进行审核。审核通过后，软件著作权将被登记并公示。公示期间，任何人都可以对软件著作权的归属提出异议。
5. 领取证书：公示期结束后，如果没有异议，申请人可以领取软件著作权证书。证书上会注明软件的名称、版本号、著作权人等信息。
需要注意的是，不同国家和地区的著作权法律可能有所不同，因此在申请软件著作权时需要遵循当地的法律法规。此外，为了确保软件著作权的有效性，建议在软件开发过程中及时保存相关文件和记录，以备后续可能的纠纷或诉讼。
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