个人和公司可以合作申请软件著作权。根据《计算机软件保护条例》的规定，软件著作权人可以是自然人、法人或者其他组织。因此，个人和公司可以共同作为软件著作权人，向国家版权局或者中国版权保护中心申请软件著作权登记。
在申请过程中，需要提交一些必要的材料，如申请表、源程序代码、软件说明书等。其中，申请表中需要注明合作双方的名称、地址、联系方式等信息。此外，还需要提供双方的合作协议或者合同等相关证明材料，以证明双方在软件开发过程中的合作关系。
需要注意的是，合作开发的软件，其著作权归属由合作双方通过合同约定。如果没有约定或者约定不明确，则按照以下原则处理：
1. 如果合作开发的软件可以分割使用，那么著作权归各自独立开发的开发者所有。
2. 如果合作开发的软件不能分割使用，那么著作权归合作开发的开发者共同所有。
因此，在合作开发软件时，最好签订详细的合同，明确约定著作权归属等事项，以避免日后发生纠纷。
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